水运系统决策技术与评价重点实验室是我院重点建设的科研型实验室，设在上海海事大学交通运输学院226教室，旨在为我校交通运输规划与管理学科的建设提供一流的科研创新平台，重点开展系统仿真、系统运行监测与评价、管理决策技术、应急决策等方面的研究。建设一支高水平的科研队伍，成为交通运输规划与管理学科的科研创新实验基地。
该实验室共投资79万余元，完成了实验室土建工程；配备了3套工作站、1台服务器以及个人电脑、投影机、打印机等硬件设备，供教师教学、科研和实验使用。该实验室主要承担了我院开设的博士课程——运输战略与规划。
目前，水运系统决策技术与评价重点实验室已经购置了各类软件，如：运筹优化软件Dash、系统仿真软件Flexsim、Arena 和 Anylogic、物流系统仿真软件RaLC、船舶疏散软件maritime EXODUS等、数理统计和大数据挖掘软件Eviews、SPSS、Stata、AMOS、SPSS Modeler等。大部分软件已经安装在该实验室的服务器上，方便科研教师在线使用。
另外，实验室已购置的相关软件的操作手册达31册，如：LIMDEP、Flexsim、RaLC、Eviews等。该实验室引进了大量的外文原版图书和相关影印本，如：Global Container Terminal Operators、Shipping and the Environment、Shipping Derivatives and Risk Management 等，方便教师借阅。（如图1）
图1：实验室购置的部分外文资料和软件手册
该实验室工作区域的个人电脑可以方便教师访问该实验室服务器上所安装的各类运筹优化、系统仿真和数理统计软件，进行在线使用，开展系统仿真、管理决策、应急决策等方面的研究。（如图2）
图2：水运系统决策技术与评价重点实验室的工作区域
目前，依托该实验室所组建的科研梯队已经开展了与多个国际一流大学的科研项目合作，如：西澳大学、新加坡国立大学等，并承接了航运中心规划、海事数据挖掘、通航安全评估及海事事故人因分析等多个科研和工程项目。