管理系
管理系成立前的演变脉络：1950年东北航海专科学校成立航务管理科、1951年东北航海学院航运管理系、1952年中南交通学院的航运系，1953年大连海事大学海运管理系，1957年武汉水运工程学院水运管理系。
1959年上海海运学院成立，1962年上海海运学院设立海运管理系，后更名为水运管理系。
1962年-1966年水运管理系下设水运管理专业。
1977年-1984年水运管理系下设水运管理工程、水运经济、水运财务会计专业。
1984年-1987年水运管理系下设水运管理工程（交通运输管理工程）专业。
1988年-1992年水运管理系下设交通运输管理工程（水运管理）专业。
1993年-1994年管理系下设水运管理、水运管理（专科）、国际企业管理、旅游管理（专科）。
1995年管理系下设水运管理、国际企业管理、旅游管理（专科）。
1996年管理系下设水运管理、国际企业管理、旅游管理。
1997年管理系下设水运管理、国际企业管理。
1998年管理系下设水运管理、国际企业管理、国际企业管理（专科）。
1999年管理系下设交通运输。
2000年管理系下设交通运输、港口航道与海岸工程。
2001年管理系下设交通运输、物流管理、港口航道与海岸工程、船舶与海洋工程。
2002年-2008年管理系下设交通运输、物流管理、港口航道与海岸工程、交通工程。
2008年-现在管理系下设交通运输、物流管理(2008年4月港口航道与海岸工程专业调整到海洋环境与工程学院，2008年12月交通工程专业变更为交通工程系)。
2021年管理系撤销，成立：交通运输系及物流管理系。
国航系
国航系成立前的演变脉络：1958年在武汉水运工程学院举办远洋运输业务专业两个班，1959年上海海运学院成立后于1962 年在上海海运学院航海系筹建远洋运输业务专业并招生，1963年运洋运输业务专业归属水运经济系，1965 年从水运经济系分出设立远洋运输业务系。
1965年成立远洋运输系，下设远洋运输业务、英语、法语专业。
1972年-1976年远洋运输系，下设远洋运输业务、国际邮政通信进修班（1994年停办）、英语师资班专业。
1977年-1984年远洋系，下设远洋运输业务专业。
1985年-1987年国际航运系，下设国际航运、国际经济法专业。
1988年-1992年国际航运系，下设国际运输管理、国际经济法专业。
1993年-1996年国际航运系，下设国际企业管理（国际航运）、国际经济法、国际运输管理（国际集装箱运输专科）专业。
1997年国际航运系，下设国际企业管理（国际航运）、国际经济法、交通运输管理（国际集装箱运输）、交通运输管理（国际集装箱运输专科）专业。
1998年国际航运系，下设国际企业管理（国际航运）、国际经济法、交通运输管理（国际集装箱运输）、交通运输管理（国际集装箱运输专科）专业、国际金融（保险）专业。
1999年-2001年国际航运系，下设旅游管理、工商管理（国际航运）、工商管理专业。
2002年-2003年国际航运系，下设工商管理（国际航运）专业。
2004年-2012年国际航运系，下设航运管理专业。
2013年-现在国际航运系，下设交通管理（航运管理）专业。
交通工程系
交通工程系前身为交通运输学院管理系交通工程专业。
2002年交通运输学院成立，下设管理系及国航系、法律系，管理系下设交通运输、物流管理、港口航道与海岸工程、交通工程专业。
2002年交通工程专业开始招生，2002年-2007级招生人数一个班。
2008年交通运输工程专业，2008级开始招两个班。
2008年12月交通工程专业组建为交通工程系。