为了培养全面发展的创新型人才，适应经济社会发展的人才需求，以“培养全面发展的人”为目标，上海海事大学交通运输学院进一步深化人才培养模式改革。学生大一期间须修读完培养方案中所规定的专业分流前的必修课程，并在大一末按“绩点优先，参考志愿”的原则分流为交通运输和交通工程两个专业。
1.交通运输专业学什么？
致力于培养具有良好的工学理论基础、扎实的港口和航运管理知识及工程实践技能、深厚的人文素养和优秀的创新能力，能在交通运输领域从事决策、规划、组织等工作，特别是具备港口和航运专门知识的高级工程技术人才。交通运输专业本科学生毕业后5年左右，能够在交通运输行业，特别是港口和航运相关领域，从事水运系统工程技术应用和管理方面的工作，具备熟练的工程项目规划、分析、设计和组织等专业技能，能够研究和解决港口与航运领域的实际问题，具备高尚的职业道德，社会责任感和宽广的国际化视野，具备较强的继续学习能力，能够适应港口、航运和相关领域的创新发展和现代化发展的需要。
交通运输专业前2学期实施大类培养，从第3学期开始实施分专业培养。交通运输专业学生主要学习交通运输规划理论与方法、港航工程与规划、港口管理信息系统、港口装卸工艺、港口生产组织与管理、船舶原理、国际航运管理等方面的基础理论和基本知识，受到交通运输技术管理、商务管理、信息管理的基本训练，具有运用运输技术设备、合理组织运输生产以获得最佳社会和经济效益的基本能力，并在航运与港口管理领域具有专长。
毕业生应获得以下几方面的知识和能力：
1.具有扎实的、交通运输专业需要的自然科学和社会科学知识；
2.具备较强的英语与计算机应用能力，以胜任今后工作要求；
3.掌握理工科、工程技术与管理等方面的基础理论和基本知识；
4.具备交通运输组织指挥、交通运输企业生产和经营的基本能力；
5.掌握国家关于交通运输方面的方针、政策和法规；
6.了解交通运输设施与设备以及交通运输组织管理的发展趋势；
7.具备现代化的信息检索能力，具有初步的科学研究和实际工作能力；
8.掌握航运与港口管理领域的专门知识，使学生在该领域具备较强的工作适应性；
9.掌握学习的方法，具备较强的自我学习的能力，并具有现代意识和创新精神。
2.办学特色
1.悠久的历史传承：上海海事大学是全国最早创立交通运输专业（水运方向）及第一批硕士点的院校之一，交通运输专业是学校传统优势与特色专业。1959年上海海运学院（今上海海事大学）复校后开办的第一批专业（原水运管理专业）；依托交通运输专业学科，早在1981年起培养硕士学位研究生；1998年获得博士点授予权。交通运输专业在世界和中国港口航运界享有盛名，人才辈出，杰出校友众多，被誉为“中国港航人才的摇篮”。
2.鲜明的海事特色：是我国交通运输（水运）领域重要工程技术与管理人才培养和科研基地。特色定位是：培养立足港口、航运和物流，依托上海，服务全国，面向世界的港航、物流及海事相关领域高层次人才。
3.行业引领性专业：中国教育部高等学校教学指导委员会水路运输与工程教学指导分委会主任委员单位所在的行业引领性专业，交通运输专业老师担任主任委员或执行秘书长等职务，引领全国各大高校港口航运领域交通运输专业的发展方向，为港口航运领域的交通运输人才确定培养模式和方案。
4.国家级专业（学科）优势：国家一流本科专业
1986年评为上海市重点专业，1997年列为交通部重点学科，2009年交通运输专业入选上海地方高校“085工程”重点建设专业；2007年国家重点（培育）学科（交通运输规划与管理）（国家级）；2008年上海市重点学科（交通运输规划与管理）；2009年上海市第四期本科教育高地；2011年上海地方高校“085工程”重点建设专业；2012年划为上海市高等学校“专业综合改革试点”项目；2013年入选教育部“本科教学工程”地方高校第一批本科专业综合改革试点专业（国家级），2015年被列为上海市高原学科（交通运输工程）；2017年顺利通过教育部工程教育专业认证（国家级）；2019年入选国家一流本科专业。
3.办学水平
1.广阔的国际培养视野：港口航运业极具国际化特征。交通运输专业作为学校优势专业，适应港口航运的国际化发展趋势和特征，采用“走出去”和“请进来”相结合方式，与美国加州大学、华盛顿大学、罗格斯大学、纽约州立大学、波士顿大学、荷兰戴尔福特大学、荷兰以莱姆斯大学、英国利物浦大学、世界海事大学、希腊爱琴海大学、韩国海洋大学、香港理工大学等国际知名或海事特色高校不断加强合作和交流，建立了稳定合作关系，通过“交换生”、“暑期项目”等形式开展国际培养合作。同时为适应水运行业响应国家“走出去”战略需求，培养学生国际化视野和国际交流能力，开设了交通运输专业（国际班），树立国际化教育视野，汇集全球高端海事师资人才，聘请国际一流的专家学者或者本校具有国际教学经验的优秀教师担任主讲教师，实现主干核心专业课程全英文授课。
2.系统完善的培养体系：经过大半个世纪的积淀与传承，现已构成交通运输专业及其一级学科从学士、硕士、博士以及博士后流动站的完整人才培养体系，形成特色鲜明、交叉融合的专业和学科方向。
3.高水平的师资队伍：目前专任教师24人，外聘教师2人，实验员2人，50%左右的教师具有海外学习或工作经历。专任教师中教授4人（二级教授2人；1人为国家百千万工程人选、上海市曙光学者、上海市青年科技启明星计划人才；2人同为国务院政府特殊津贴获得者、交通部“十百千人才工程”入选人才；2人入选交通运输部青年科技英才；1人入选上海市浦江人才），副教授8人（1人为上海市浦江人才），讲师12人。高级职称占比50%，博士生导师3人，硕士生导师15人。
4.卓越的港航生产实践：学以致用、付诸实践是我校交通运输专业人才培养的重要方式。交通运输专业大力开展港口和航运工程领域的实践教学。建有港口虚拟现实实验室、水运系统决策技术与评价重点实验室、现代港口综合实验室、码头自动化控制实验室等，主要承担专业主干课程的辅助教学以及相应实验课程的教学；并建有沪东中华造船公司、上海港口集团、中远海运有限公司、中外运海港物流公司、常熟港口局、常熟外轮代理有限公司、育锋轮等本科实践教学基地，主要开展“港口认识实习”、“船厂实习”、“航行实习”等港航生产实践课程的教学。为提升学生港航实践与应用能力，掌握行业发展的基本理论及港航发展前沿动态，交通运输专业聘请港口航运企业或行业专家做兼职教师，针对交通运输专业的相关基础课程以及核心特色专业课程开展了校企合作课，由在校的主讲教师与企业或行业专家共同为专业本科生授课。
5.丰富的创新创业：交通运输专业的学生积极参与各类科创活动，在美国大学生数学建模竞赛、全国大学生数学建模竞赛、全国大学生英语竞赛、全国高校商业精英挑战赛物流管理竞赛、全国高校智能交通创新与创业大赛等竞赛中，都充分发挥其专业优势，取得了优异的成绩。近四年，共有51名学生荣获国家级奖项，3名学生荣获华东赛区奖项，41名学生荣获上海市奖项，25名学生荣获校级奖项，20个创新活动计划项目成功立项。此外，还有学生在文化和农业方面进行自主创业，多领域发展。
6.良好的发展前景：一是全球经济贸易发展对港航人才的依赖。全球贸易中90%以上的货物运输依靠海运来实现。世界经济发展和国际贸易的实现需要大量的港口航运为特色的交通运输人才。二是国家重大战略对港航人才巨大需求。特别是近年来“一带一路”、“长江经济带”、海洋强国、交通强国、中国自贸区等国家战略实施、上海国际航运中心建设以及国家港口航运行业发展对港航领域交通运输人才的需求巨大。
4.毕业去向
交通运输专业的毕业生主要从事港口规划和运营管理以及具有港航特色的交通运输运营与管理工作。交通运输专业每年毕业人数110余人。其中，70%以上的毕业生在港航领域对口就业，从事相关专业领域的工作（港口、航运、物流等）或岗位。近三年来，交通运输专业毕业生的就业率始终保持在97%以上，为国家港航事业发展和上海国际航运中心建设输送了大量的卓越的港航特色人才。