一、1950--1965年（初创与建设）
1950年8月，由东北教育部领导的东北航海专科学校成立航务管理系，招收第一届海运管理本科学生（1950级）。
1951年，东北航海专科学校更名为东北航海学院，属交通部领导。海运管理1951级入学。
1952年8月，经教育部和交通部批准，东北航海学院与上海航务学院合并成立大连海运学院。海运管理1952级入学。
1953年，大连海运学院航务管理系海运管理专业当年未招生。
1954年，海运管理研究生班由苏联专家卡查可夫主导， 培养港口装卸组织及机械化方面师资。海运管理1954级（本科）入学。
1955年，海运管理1955级及越南留学生进入海运管理本科班学习，1956年，海运管理研究生班由苏联专家苏赫斯基主导， 培养船队运输组织方面师资（充实师资力量）。海运管理1955级（本科）入学。
交通运输（水运管理）专业1950年在东北航海专科学校（东北航海学院前身）设立，1951年到1952年探索前行；1953年，东北航海学院与上海航务学院合并成立大连海运学院。1954级以后，按照引进的“苏式教育”计划进行专业建设与人才培养。
以海运管理1955级为例，当时招生按“密级”进行，学制5年。学习课程共34门，基础课程设置非常厚实（数理化、制图、理论力学、材料力学、流体力学、水力学等），并设置大量技术基础课程（金属工艺学、电工学、船舶原理与设计、驾驶基础、动力装置起重机、机械零件与原理、航道与测量、货物学、港口及平面布置、商务管理、港口装卸工作组织与机械化、船队工作组织、船舶积载等），可以说是面面俱到。
实习和课程设计非常丰富，包括码头课程设计、港口平面规划课程设计、装卸机械化系统设计、船舶积载设计、船型论证课程设计，港口认识实习、码头装卸实习、海运局生产实习及毕业实习，航线规划与配航等。强调到现场教学，设计是“真刀真枪”。毕业设计基本都是国家和企业要解决的实际问题，如一条龙运输、三五船型规划、连烟线客货轮改造等，由师生参与共同完成。
学生管理实行“半军事化”，统一校服（水兵服），统一高标准伙食（18.9元/月）。重视学生文体生活，丰富多彩。考试考查严格，实行五分记分制、评优等生及优秀毕业生制度。淘汰率高，以1955级为例，入学70余人毕业时只有54人。当年55级留校人数达13人。
坚持德智体美劳全面发展的教育方针，强调又红又专。逐步建成一套完整的培养方案，并对教学进行初步的探索与改革。1950--1956级为海运管理专业。1957年海运管理停止招生一年。1958--1960级分为两个专业：港口装卸组织及机械化专业、船队运输组织专业。 1961--1965级为“宽口径”的水运管理专业（海上与内河运输合并）。
强调理论与实际相结合，毕业生很受欢迎，基本上全部分在港航单位，很多毕业生成为企业的骨干和领导。
以上16年是在计划经济体制下进行办学，以学习苏联为主的教学模式。政治运动虽多，但教学秩序还是得到了保障，应予充分的肯定。
二、1966--1978年（停止招生）
水运管理停止招生13年。其间，1961级、1962级基本上完成教学计划所规定的课程。1963级、1964级、1965级教学不同程度上受到“文化大革命”的影响，1970年毕业生陆续分配离开学校。
三、1979--2016年（改革发展）
1979年，水运管理专业恢复招生。在交通部和上海市领导下，水运管理专业在改革开放中快速发展。
1. 管理体制与学科建设
1979--1991年属水管系（12年）。 其中，1979--1984年水运管理专业共招6届，1985年交通运输管理专业1届， 1986--1993年交通运输管理工程专业共招8届。
1991--2001年属管理学院管理系（10年）。2002年至今属交通运输学院管理系（14年）。1994年---2016年交通运输专业共招22届。
为适应市场经济发展的需求，全面贯彻党的教育方针，逐步引进西方的办学理念和课程，积极进行教学改革探索和实践。本科学制由5年改为4年，全面实行学分制，非常重视师资的培养、教材建设和实验室建设。
1985--1995年，我校与香港招商局协议实施培养教师计划，教师分批到香港工作3--5年，有近30多位老师参与。此举有力地促进教师理论联系实际，教学系统性与实践性大为提高，深受学生的欢迎。
为提高教师计算机模拟教学水平，申请建设计算机模拟教学实验室项目，得到交通部近200万元的专款资助，教学手段与条件的改善有利于教师科研工作的开展与能力的提升。
1995年，学校和企业联合编著《交通运输经济管理丛书》。企业赞助经费联合编写出版了12本专著，以适应市场经济发展的需要，在校企联动、服务交通方面迈出了可喜的一步。
各层次办学中坚持质量第一，实行全面的质量管理，形成了完备的教学文件、规章制度和管理规范，在接受上海市和的有关评估中受到好评。（见附件一：改革与三材建设）
学科建设不断探索，逐步形成了比较科学的学科体系。1979年开始招收运输管理工程硕士研究生，并于1981年获得运输管理工程硕士学位授予权。1998年交通运输规划与管理专业获得博士学位授予权，实现了学校博士点“零”的突破。2007年交通运输规划与管理被教育部批准为国家重点（培育）学科。（见附件二：学科体系建设）
2.中外合作办学
1983年接受联合国亚太经社会的援助，与联合国亚太经社会合作举办航运经济管理研究生师资班（学制三年）。
2004年与世界海事大学合作举办“国际运输与物流”硕士项目。2015年在上海市教委和国家教委的双评估中取得满分，并获得上海教育成果奖。2016年被评为上海市示范性中外合作项目。
2006年与澳大利亚西澳大利亚大学合作举办“物流工程与管理”硕士项目，招生至2011年。（见附件三：中外合作办学）
3.交通运输学院成立
2011年，经教育部批准，与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，该项目是上海市地方高教第一个海外办学项目。
交通运输学院成立于2002年，是以其主干专业交通运输而得名。交通运输专业是从海运管理专业、港口装卸工作组织与机械化、船队运输组织、水运管理、水运技术管理、水运管理工程、交通运输管理工程、交通运输管理工程（水运管理）和交通运输专业沿革发展而来。专业发展历经坎坷和磨难，专业名称多变，但专业特色始终未变。经交通运输（水运管理）专业师生的探索实践与改革创新，专业从无到有，由窄口径逐步变宽，由弱到强，形成了学士、硕士、博士的培养体系。从专科到博士后，水运管理学科内涵发生了巨大的变化。水运管理学科在发展历程中凸现很强综合实力的同时又派生出新兴的相近学科，为上海海事大学教学科研发展做出了突出的贡献。
交通运输（水运管理）学科创办以来坚持急国家之所急，源源不断地为祖国交通运输航运事业输送大批人才，毕业生分布祖国大江南北，许多毕业生成为企业事业单位的骨干和中坚力量。展望未来，交通运输（水运管理）学科要继续登攀，充分发挥办学特色，坚持创新发展，坚持校企合作，坚持理论联系实际，努力培养更多适应我国市场经济所需要的创新人才，为把水运管理学科建成教学科学研究型、国际化的一流学科做出新的努力。充分发挥交通运输（水运管理）学科的带头作用，充分利用交通运输学院相关学科的优势，充分利用并扩大目前已有的国际合作项目，争取短时间内打造一个高层次国际航运输物流平台、高级航运物流国际化人才培训高地，为上海国际航运中心和“一带一路”国家战略做出积极贡献。
附件一：改革与三材建设
1979年创办《水运管理》杂志（1992年--1996年为中文核心期刊）
1980年，交通部委托举办企业领导干部水运管理研究生班（先后共举办五期）
1981年，上海海运学院为中国航海学会水运管理专业委员会主任单位
1985年，上海海运学院为交通部交通运输管理工程专业协作组组长单位
1994年，上海海运学院为交通部高等学校交通运输与经济类专业指导委员会主任单位
1981年--1986年开办水运管理干部专修科（2年制，共举办6期）
1990年，上海海运学院召开管理专业建设座谈会（邀请企业参加）
1991年，交通部主持召开管理专业建设研讨会（会议决定成立上海海运学院专业建设发展指导委员会）
1992年，交通部拨款管理学院管理模拟实验室建设经费近200万元
1985年--1995年与招商局合作选拔管理类教师赴招商局工作以培养师资
1995年，上海海运学院为交通运输经济管理丛书编委会执行主任单位
1999年，《面向21世纪交通运输专业人才培养方案及教学内容体系改革的研究与实践》获上海高教育成果三等奖
附件二：学科体系建设
1979年开始招收运输管理工程硕士研究生（1981年获得运输管理工程硕士学位授予权）
1982年，上海海运学院成为首批学士学位授予权
1986年，交通运输工程专业为上海市重点专业
1994年，运输管理工程硕士点获准单独考试招生
1996年，运输管理工程硕士点获准招收留学生
1997年，运输管理工程更名为“交通运输规划与管理”并获得同等学历硕士学位授予权（被评为部级重点学科）
1998年，交通运输规划与管理专业获得博士学位授予权
1999年，交通运输工程专业学位研究生开始招生
2007年，交通运输规划与管理被教育部批准为国家重点（培育）学科； 经人事部和全国博士后管理委员会批准，交通运输工程为一级学科博士后流动站
2008年，交通运输规划与管理学科为上海高校重点学科
2009年，交通运输专业被列为上海市本科教育高地建设项目
附件三：中外合作办学
1983年与联合国亚太经社会举办航运经济管理研究生师资班（学制3年）
1984年与亚太经社会开办航运管理工程本科班（共举办2期）
1996年，中荷MBA开始招生，1997年获MBA试点，2001年取得EMBA办学权
2004年与世界海事大学合作举办“国际运输与物流硕士项目”，2016年已有11届毕业生，2016年被上海市评为中外合作示范项目
2006年与澳大利亚西澳大学合作举办“物流工程与管理硕士班”（2006年--2011年）
2011年，经教育部批准与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科项目，已招收6届学生
（作者为原管理学院院长刘同安高级工程师）